Kedah adalah sebuah negeri tertua di Malaysia dan merupakan negeri yang terawal mengamalkan sistem pemerintahan Islam. Sistem pemerintahan ini telah diperkenalkan oleh Sultan Kedah pertama yang memeluk agama Islam dan mula mengamalkan hukum Islam di dalam pemerintahan negeri, iaitu Sultan Al Muzaffar Shah I (1136-1179). Di bawah sistem pemerintahan ini, Sultan menjadi ketua kerajaan dan ketua agama Islam. Pada zaman tersebut, alim ulama dilantik menjadi penasihat hal ehwal agama Islam dan mereka digelar sebagai Guru Sultan.

Peranan Guru Sultan ditambah baik ketika pemerintahan Kebawah Duli Sultan Kedah yang ke-24, iaitu Sultan Ahmad Tajuddin Mukarram Shah ibni  Almarhum Sultan Zainal Rashid Al-Mu’adzam Shah I (1854-1879) dengan membahagikan peranan Guru Sultan kepada tiga bahagian utama, iaitu Mufti, Kadi dan Imam. Kemudian, ketika pemerintahan Paduka Sri Sultan Abdul Hamid Halim Shah Ibni Al-Marhum Sultan Ahmad Tajuddin Mukarram Shah (1881- 1943), iaitu Sultan Kedah yang ke-26, peranan tiga bahagian ini telah digabungkan di bawah satu institusi agama khas yang diletakkan di bawah pentadbiran kerajaan negeri dan dinamakan sebagai Pejabat Agama Negeri Kedah Pejabat Agama Negeri Kedah tersebut berperanan dalam urusan hal ehwal Islam negeri Kedah secara amnya dan khusus kepada urusan nikah  dan  cerai. Ia diketuai oleh seorang Syeikhul Islam yang dilantik oleh Sultan.

Struktur dan fungsi Pejabat Agama Negeri Kedah diperkemaskan lagi ketika di bawah pemerintahan Ke Bawah Duli Tuanku Sultan Kedah yang ke-27, iaitu Sultan Sir Badlishah ibni Almarhum Sultan Abdul Hamid Halim Shah (1943-1958) pada tahun 1952. Pejabat Agama Negeri Kedah tersebut telah dijenamakan semula sebagai Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu. Struktur organisasi Majlis Agama  Islam dan Adat Istiadat Melayu tersebut dianggotai oleh seorang ketua yang digelar Yang Dipertua, seorang Setiausaha dan 22 orang ahli yang terdiri daripada 11 orang alim ulama Negeri dan 11 orang pegawai adat istiadat Melayu.

Ketika di bawah pemerintahan Al-Sultan Al Mu’tassimu Billahi Muhibbuddin Tuanku Al-Haj Abdul Halim Mu’adzam Shah ibni Almarhum Sultan Badlishah (1958-2017), iaitu Sultan Kedah yang ke-28, Majlis Agama Islam Negeri Kedah telah ditubuhkan bagi mengantikan peranan Majlis Agama Islam Negeri dan Adat Istiadat Melayu.

Penubuhan Majlis Agama Islam Negeri Kedah telah dibuat pada 4 April 1963, bersamaan 11 Zulkaedah 1382 melalui penguatkuasaan Undang-Undang Pentadbiran Agama Islam – Undang-Undang Negeri Kedah No.9 Tahun 1962. Kemudian, Majlis Agama Islam Negeri Kedah ini telah diisytiharkan sebagai sebuah institusi rasmi yang menjaga hal ehwal agama Islam di negeri Kedah pada tahun 2008 di bawah Enakmen Pentadbiran Undang-Undang Islam (Kedah Darul Aman) 2008.

Pembaharuan yang telah dibuat pada tahun 2008 ialah perlantikan jawatan Yang Dipertua Majlis bukan lagi daripada Pengarah Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Kedah (JHEAIK), sebaliknya dilantik terus oleh Sultan Kedah yang memerintah. Sejak itu, nama Majlis Agama Islam Negeri Kedah atau  dengan nama singkatannya MAIK telah digunakan sehingga kini.